Brève Au Coeur du Lait
Janvier 2012

Comparaison des performances d’une PCR temps réel et de la bactériologie pour l’identification des bactéries à l’origine de mammites.

 

L’objectif de cette étude menée sur le terrain en Finlande et aux Pays-Bas était de comparer les performances de deux outils de diagnostic des agents bactériens impliqués dans les mammites, et plus précisément une PCR en temps réel (résultat en moins de 4 h) en comparaison à la bactériologie classique dont le résultat est obtenu en 48h.

La PCR temps réel en question est en mesure de détecter concomitamment 11 pathogènes (PathoProof Mastitis PCR assay de Thermo Fisher Scientific). Pour évaluer la valeur informative de ce test, 1000 prélèvements aseptiques issus de 922 quartiers de vache ont été collectés en Finlande et aux Pays-Bas. Parmi ces échantillons, 780 étaient issus de quartiers atteints de mammite clinique et 220 de quartiers qualifiés au départ de sains. Parmi ces quartiers sains, ceux dont le lait présentait une concentration en cellules somatiques (CCS) < 75 000 cell/mL ont été considérés sains, ceux dont la CCS > 250 000 cell/mL reclassés en quartier atteint de mammite subclinique. Les laits aux CCS intermédiaires ont été exclus de l’analyse compte-tenu de leur caractère ambigu.

Les résultats sont résumés dans le tableau ci-après :

Espèces détectées

Prélèvement mammite clinique

Prélèvement mammite subclinique

Prélèvement issu de quartier sain

Bactériologie

PCR

Bactériologie

PCR

Bactériologie

PCR

0

180

89

8

4

110

95

1

475

318

37

27

20

30

2

65

236

1

10

2

6

3 ou plus

60

137

-

5

-

1

La bactériologie conventionnelle a permis d’identifier un pathogène ou plus dans 600 des 780 échantillons prélevés lors de mammite clinique (77%) tandis que la PCR en a retrouvé dans 691 prélèvements (89%). Les bactéries identifiées par PCR qui ne l’ont pas été en bactériologie étant principalement : Arcanobacterium pyogenes, Corynebacterium bovis, Escherichia Coli, des staphylocoques coagulase négative, Streptococcus dysgalactiae et Streptococcus uberis. A noter que 53 échantillons négatifs en culture se sont avérés positifs pour S. aureus par PCR mais 22 échantillons PCR négatifs étaient positifs en S. aureus par bactériologie. Le gain de sensibilité a été surtout le fait de l’identification de 2 agents sur certains prélèvements où la bactériologie classique n’en a retrouvé qu’un.

Parmi les échantillons réalisés lors de mammite subclinique (46), une identification bactérienne positive par bactériologie a été faite sur 83% des prélèvements alors que le niveau de positivité par PCR a été de 91%.

Sur les prélèvements à très faible teneur en CCS, PCR et bactériologie ont été le plus souvent négatives (respectivement 7.5 et 4.3 % de positivité) semblant indiquer un degré de spécificité partielle satisfaisant. La discussion concerne surtout le nombre important de prélèvements positifs par PCR pour 3 agents ou plus qui devraient faire considérer (en tout cas en bactériologie classique) ces prélèvements comme contaminés rendant nécessaire des études supplémentaires avant l’utilisation en routine de cet outil en substitution totale à la bactériologie.

 

Au final, le kit PCR testé ici a montré un certain nombre d’avantages par rapport à la bactériologie classique : une sensibilité plus grande (dans cette étude terrain, un nombre de prélèvements positifs plus important, de l’ordre de 10%), une rapidité dans l’obtention des résultats et une interprétation automatique de cers résultats. Toutefois, un grand nombre de prélèvements était positif en PCR pour 3 pathogènes ou plus, ce qui amènerait à considérer (en bactériologie classique) ces prélèvements comme contaminés. Si l’outil semble prometteur, des études supplémentaires semblent nécessaires pour, compte-tenu de la grande sensibilité de la PCR, aboutir à des recommandations robustes concernant les méthodes de prélèvement et l’interprétation quantitative des résultats de la PCR.

 

Référence :
Koskinen MT, Wellenberg GJ, Sampimon OC, Holopainen J, Rothkamp A, Salmikivi L, van Haeringen WA, Lam TJGM, Pyörälä S. :
Field comparison of real-time PCR and bacterial culture for identification of mastitis bacteria. - Journal of Dairy Science, 2010, (93):2707-5715